В 1937 году в г. Томск был организован трест «Томлес», а в 1938 году по инициативе и под руководством профессора Георгия Васильевича Крылова, возглавлявшего в тот период Отдел лесного хозяйства, были организованы первые лесопатологические работы. В годы Великой Отечественной Войны основная деятельность лесного хозяйства была направлена на заготовку древесины для нужд фронта, в связи с чем работы по лесопатологии были прекращены. 4 апреля 1947 году Указом Президиума Верховного Совета СССР было организовано союзно-республиканское Министерство лесного хозяйства. В соответствии с этим указом на территории Томской области созданы: областное Управление лесного хозяйства, десятки лесхозов и лесничеств. В этот же год при Управлении лесного хозяйства была организована служба по защите лесов от вредителей и болезней, деятельность которой осуществлялась межрайонными специалистами лесопатологами. На этом этапе на плечи лесопатологов ложился весь комплекс работ по защите леса: - Выявление и обследование очагов по защите леса; - Организация и ведение детального надзора за самыми опасными вредителями сибирской тайги: хвоелистогрызущими и стволовыми вредителями леса; - Весенние контрольные обследования; - Обоснования необходимости мер борьбы в т.ч. и истребительных авиационных и наземных мероприятий; - Составление и защита проектов химической и биологической борьбы; - Учет эффективности применяемых мер борьбы; - Проектирование и организация мероприятий по обработке древесины; - Назначение санитарно-оздоровительных мероприятий. В 1954-1957 гг в Томской области была зафиксирована вспышка массового размножения сибирского шелкопряда. Общая площадь очагов составила около 2 миллионов гектар. В результате погибло свыше 300 тыс. га древостоев. В наибольшей степени пострадали насаждения Молчановского, Улу-Юльского, Комсомольского, Первомайского и Тегульдетского лесхозов. Вспышка размножения подорвала сырьевую базу нескольких леспромхозов Томской области, орехопромысел и привела к смене темнохвойных насаждений на лиственные на огромной территории в ее восточных районах. Лесопатологами был проведен колоссальный объем работ, очаги находились в отдаленных районах области, в густой непроходимой тайге. Полученный опыт привел к введению воздушного наблюдения за состоянием лесов в Томской области, а также к проведению регулярных обследований лесных площадей. Несмотря на предпринятые меры в 1979-1984 гг. вспышка массового размножения сибирского шелкопряда повторилась на огромной территории от запада до востока области (Шегарский, Бакчарский, Чаинский, Зырянский, Тегульдетский и Кривошеинский лесхозы). Особенно большие площади лесов (31 тыс. га) были охвачены вспышкой в Зырянском и Тегульдетском лесхозах. В этот момент стало понятно, что первое оружие против шелкопряда – четкая служба контроля и прогноза состояния популяций. В 1983 году в целях повышения эффективности работ по защите лесных насаждений от вредителей, была создана Томская станция по борьбе с вредителями и болезнями леса при Тимирязевском мехлесхозе. Возглавлял станцию с 1983 по 1987 год кандидат биологических наук В.В. Реморов. А с 1987 года и по настоящее время лесозащиту в Томской области возглавляет Александр Васильевич Чемоданов. 22 июня 1999 года Томская станция по борьбе с вредителями и болезнями леса, эффективно проработавшая 17 лет, была реорганизована в ФГУ «Центр защиты леса и радиационной экологии Томской области». В августе 2002 года преобразовано в филиал Федерального государственного учреждения «Российский центр защиты леса» «Центр защиты леса Томской области».
В 2006 году в зону ответственности Томского филиала вошла Кемеровская область, а это огромный кузбасский край с весьма разнообразными лесными ресурсами. Площадь лесов, охваченных лесопатологическим мониторингом на тот момент составила 520 тыс. га. К 2020 году площадь, покрытая лесопатологическим мониторингом, составляет 34 163,7 тыс. га. На сегодняшний день филиал представлен четырьмя отделами: отдел защиты леса и государственного лесопатологического мониторинга, информационно-аналитический отдел, отдел «Томская лесосеменная станция» и отдел дистанционных наблюдений и геоинформационных систем. В 2007 году на базе Томского филиала была организована «Томская лесосеменная станция». За период с 2007 по 2008 год на территории Томской и Кемеровской области проведена инвентаризация объектов лесного семеноводства, площадь которых составляет 2 266,4 гектар. В августе 2010 года была создана и успешно прошла аккредитацию лаборатория определения посевных качеств семян лесных растений филиала. Ежегодно Томская лесосеменная станция обследует в среднем 6,5 тыс. кг семян лесных растений, предназначенных для посева в лесных питомниках Томской и Кемеровской области. Так же были заложены лесосеменные плантации на площади 9,8 га, клоновые архивы на площади 26,5 га и испытательные культуры на площади 4,0 га. Благодаря этому восстановление лесов в Томской и Кемеровской области производится качественными районированными семенами. Результатом чего является значительное улучшение состояния лесных культур хвойных пород. С 2007 года по август 2013 года начальником отдела «Томская лесосеменная станция» была Квеглис Ольга Геннадьевна, которая на тот момент более 10 лет занималась вопросами лесовосстановления. С августа 2013 года по декабрь 2020 года отдел возглавляла Свиридова Мария Сергеевна. На данный момент она является зам.директора филиала. В январе 2013 года был организован Информационно-аналитический отдел, который составляет оперативную информацию о гибели насаждений и развитии очагов вредителей и болезней по субъектам, обеспечивает своевременное предоставление информации в ФБУ «Рослесозащита» и органы субъекта Российской Федерации, составляет санитарный обзор и прогноз санитарного состояния лесов Томской и Кемеровской области. Помимо этого, сотрудники отдела занимаются разработкой проектной документации, обработкой материалов лесопатологических обследований, оказывают консалтинговые услуги. С момента основания отдела и по сей день отделом руководит Волочий Наталья Александровна – потомственный работник лесного хозяйства, имеющая шестилетний опыт преподавания лесохозяйственных дисциплин и более 15 лет стажа работы в лесном хозяйстве. С 1 сентября 2017 года в филиале начал свою работу отдел Дистанционных наблюдений и геоинформационных систем. Благодаря работе сотрудников этого отдела филиал может осуществлять контроль состояния насаждений и выявление по космическим снимкам участков поврежденного леса, в том числе в труднодоступных местах. Возглавляет отдел Мейер Ольга Эдуардовна, а инженеры отдела – молодые специалисты, поступившие на работу в филиал после окончания ВУЗа и получающие свой первый рабочий опыт. С момента основания штатная численность филиала выросла с 4 сотрудников до 39 штатных единиц. Из них 30 единиц - это ИТР, в т.ч. 10 инженеры-лесопатологи. От общего числа работников – 87% имеют высшее образование, из числа инженерно-технических работников высшее образование имеют 93,3%. Один сотрудник имеет ученую степень кандидата наук, один проходит обучение в аспирантуре и один обучается в ВУЗе. Для выполнения плана работ центр оснащен необходимым транспортом, в том числе тремя снегоболотоходами, квадрациклом и катером. Сотрудники оснащены необходимым таборным имуществом, инструментами, оборудованием, портативными компьютерами, ноутбуками и спутниковой связью. Центр защиты леса Томской области – это не только производственные показатели, но конечно же его сотрудники и в первую очередь директор филиала Чемоданов Александр Васильевич. Человек посвятивший всю свою трудовую жизнь защите лесов. Практически с нуля при активном участии Александра Васильевича создавалась служба лесозащиты области, которую он возглавляет с 1989 года. Обладая хорошими организаторскими способностями Александр Васильевич, в короткий срок, организовал работу Филиала: создал материально-техническую базу, оснастил рабочие места, подобрал рабочий коллектив. Особо пристальное внимание Александр Васильевич уделяет подбору и подготовке кадров, оказывая поддержку и внимание каждому сотруднику. Именно его заслуга, что в филиале сформирован высокопрофессиональный коллектив.